1. vodnopólová liga žien v sezóne 1998/99 bol 8. ročník ligy vodnopólistiek, vodnopólovej súťaže žien na Slovensku, kontrolovanej Slovenským zväzom vodného póla (SZVP). Nováčikom súťaže bolo družstvo Slávia UVL Košice, ktoré však s juniorkami a dorastenkyňami vo svojich radoch prehralo všetky zápasy. Jej víťazom sa po ročnej prestávke stal už po druhýkrát tím MD PVK Vrútky.
Hrala sa základná a nadstavbová časť, a to turnajovým spôsobom. Základná časť pozostávala z 3 turnajov so všetkými 5 družstvami. Nadstavbová časť pokračovala ďalšími 5 turnajmi so 4 najlepšími družstvami po časti základnej.