Kolísavé párovanie báz

z Wikipédie, slobodnej encyklopédie
Kolísavé páry báz pre inozín a guanín

Kolísavé párovanie báz[1][2] alebo wobble párovanie báz[3] (z anglického wobble pairing) je párovanie medzi dvoma nukleotidmi v molekulách RNA, ktoré nedodržiava pravidlá Watson-Crickovho párovania báz.[4] Štyri hlavné kolísavé páry báz sú guanín-uracil (GU), hypoxantín-uracil (IU), hypoxantín-adenín (IA) a hypoxantín-cytozín (IC). Aby sa zachovala konzistencia názvoslovia nukleových kyselín, pre hypoxantín sa používa písmeno "I", pretože hypoxantín je nukleobázou inozínu.[5] Názvoslovie sa inak riadi názvami nukleobáz a ich odpovedajúcich nukleozidov (napr. „G“ pre guanín aj guanozín – ako aj pre deoxyguanozín). Termodynamická stabilita kolísavého páru báz je porovnateľná so stabilitou Watson-Crickovho páru báz. Kolísavé páry báz sú základom sekundárnej štruktúry RNA a sú rozhodujúce pre správnu transláciu genetického kódu.

História[upraviť | upraviť zdroj]

V genetickom kóde je 43 = 64 možných kodónov (sekvencií 3 nukleotidov). Aby mohla prebehnúť translácia, vyžaduje každý z týchto kodónov odpovedajúcu molekulu tRNA s antikodónom, ktorý odpovedá danému kodónu. Ak by bola každá molekula tRNA spárovaná s jej komplementárnym kodónom v mRNA pomocou kanonického párovania báz, bolo by potrebných 64 typov tRNA. V štandardnom genetickom kóde sú tri zo 64 kodónov takzvané stop kodóny (UAA, UAG a UGA), ktoré ukončujú transláciu väzbou na uvoľňovacie faktory a nie na molekuly tRNA, takže kanonické párovanie by vyžadovalo 61 druhov tRNA. Pretože väčšina organizmov má menej ako 45 typov tRNA,[6] niektoré typy tRNA sa môžu spárovať s viacerými synonymnými kodónmi, z ktorých všetky kódujú rovnakú aminokyselinu. V roku 1966 Francis Crick navrhol hypotézu kolísania (anglicky "wobble hypothesis"), aby vysvetlil tento fenomén. Predpokladal, že 5' báza na antikodóne, ktorá sa viaže na 3' bázu na mRNA, nie je tak priestorovo obmedzená ako ostatné dve bázy a teda môže tvoriť neštandardné párovanie báz.[7] Crick navrhol tento názov kvôli malému kolísaniu, ktoré sa vyskytuje v tejto tretej kodónovej pozícii. Pohyb ("kolísanie") bázy v polohe 5' antikodónu je nevyhnutný pre malé konformačné úpravy, ktoré ovplyvňujú celkovú geometriu párovania antikodónov tRNA.[8][9]

Kvasinková tRNAPhe má napríklad antikodón 5'-GmAA-3' a dokáže rozpoznať kodóny 5'-UUC-3' a 5'-UUU-3'. Vďaka tomu môže dôjsť k párovaniu báz mimo Watson-Crickových pravidiel na polohe tretieho kodónu, teda medzi 3' nukleotidom kodónu mRNA a 5' nukleotidu antikodónu tRNA.[10]

Hypotéza kolísania[upraviť | upraviť zdroj]

Tieto predstavy viedli Francisa Cricka k vytvoreniu hypotézy kolísania, teda súboru štyroch vzťahov vysvetľujúcich tieto prirodzene sa vyskytujúce vlastnosti:

  1. Prvé dve bázy v kodóne spôsobujú špecifickosť kódovania, pretože tvoria silné Watson-Crickove páry báz a silne sa viažu na antikodón tRNA.
  2. Pri čítaní v smere 5' až 3' určuje prvý nukleotid v antikodóne (ktorý je na tRNA a páruje sa s posledným nukleotidom kodónu na mRNA), koľko nukleotidov tRNA skutočne rozlišuje.
    • Ak je prvým nukleotidom v antikodóne C alebo A, párovanie je špecifické a nasleduje pôvodné Watson-Crickovo párovanie, čo znamená, že s touto tRNA sa môže párovať iba jeden špecifický kodón.
    • Ak je prvým nukleotidom U alebo G, párovanie je menej špecifické a v skutočnosti môže tRNA rozpoznávať dve bázy.
    • Inozín vykazuje skutočné kolísanie v tom, že ak je to prvý nukleotid v antikodóne, ktorákoľvek z troch báz v pôvodnom kodóne sa môže byť rozpoznaná touto tRNA.
  3. Vzhľadom na špecifickosť, ktorá je vlastná prvým dvom nukleotidom kodónu, ak je jedna aminokyselina kódovaná viacerými antikodónmi a tieto antikodóny sa líšia buď v druhej alebo tretej polohe (prvá alebo druhá poloha v kodóne), potom je pre tento antikodón potrebná iná tRNA.
  4. Minimálna požiadavka na uspokojenie všetkých možných kodónov (61 okrem troch stop kodónov) je 32 tRNA, čo odpovedá 31 tRNA pre aminokyseliny a jeden iniciačný kodón.[11]

Schémy párovania[upraviť | upraviť zdroj]

Tabuľka nižšie zobrazuje možné páry báz. Watson-Crickove páry báz sú zobrazené tučným písmom. Zátvorky označujú väzby, ktoré fungujú, ale budú menej uprednostňované. Úvodné x označuje deriváty (vo všeobecnosti) nasledujúcej bázy.

5' antikodónová báza tRNA 3' kodónová báza mRNA (podľa Cricka)[note 1] 3' kodónová báza (revidovaná)[12]
A U U, C, G alebo (A)
C G G
G C alebo U C alebo U
U A alebo G A, G, U alebo (C)
I A, C alebo U A, C alebo U
k2C A
xm5s2U, xm5Um, Um, xm5U A alebo (G)
xo5U U, A alebo G

Biologický význam[upraviť | upraviť zdroj]

Okrem zjavnej nevyhnutnosti kolísania, keďže naše bunky majú obmedzené množstvo tRNA a kolísanie umožňuje širokú špecifickosť, sa ukázalo, že kolísavé páry báz uľahčujú mnohé biologické funkcie, najjasnejšie demonštrované v baktérii Escherichia coli, modelovom organizme. V štúdii tRNA pre alanín⁣ z E. coli bol objavený kolísavý pár báz, ktorý určuje, či sa bude tRNA aminoacylovať alebo nie. Keď sa tRNA dostane k aminoacyl tRNA syntetáze, úlohou syntetázy je spojiť túto RNA v tvare t s jej aminokyselinou. Tieto aminoacylované tRNA sa potom účastnia translácie mRNA a sú základnými prvkami, ktoré sa spájajú s kodónom aminokyseliny.[13] Nevyhnutnosť kolísavého páru báz bola ilustrovaná prostredníctvom experimentov, kde sa pár guanín-uracil zmenil na prirodzený pár guanín-cytozín. Oligoribonukleotidy boli syntetizované na Gene Assembler Plus a potom sa rozprestrené cez sekvenciu DNA, o ktorej je známe, že kóduje tRNA pre alanín. Potom bolo produktom týchto nových tRNA zmerané 2D-NMR, ktoré bolo porovnané s kolísavými tRNA. Výsledky naznačujú, že so zmenou tohto kolísavého páru báz sa zmenila aj štruktúra a znemožnila tvorba alfa helixu. Alfa helix je rozpoznateľná štruktúra pre aminoacyl tRNA syntetázu a bez nej syntetáza nespojí aminokyselinu alanín s tRNA pre alanín. Toto kolísavé párovanie báz je teda nevyhnutné pre použitie aminokyseliny alanínu v E. coli a jeho význam by znamenal význam pre mnohé príbuzné druhy.[14]

Poznámky[upraviť | upraviť zdroj]

  1. Tieto vzťahy je možné vidieť detailne v: Genetic Code and Amino Acid Translation [online]. www.soc-bdr.org, 2008-04-15, [cit. 2022-01-21]. Dostupné online. (po anglicky) , kde je i celý zoznam kodónov a antikodónov. Novší pohľad na párovanie báz je možný v článku: AGRIS, P. F.. Decoding the genome: a modified view. Nucleic Acids Research, 2004-01-02, roč. 32, čís. 1, s. 223–238. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1362-4962. DOI10.1093/nar/gkh185. (po anglicky).

Referencie[upraviť | upraviť zdroj]

  1. kolísavé | Velký lékařský slovník On-Line [online]. lekarske.slovniky.cz, [cit. 2022-01-21]. Dostupné online.
  2. Aplikovana biologia - Molekulová genetika a imunogenetika - 2.cvičenie Základy [online]. apbiologia.estranky.sk, [cit. 2022-01-21]. Dostupné online.
  3. VAVREKOVÁ, Anna. Molekulární simulace DNA-oligonukleotidu modifikovaného protinádorovým komplexem oxaliplatina, podložené strukturálními daty získanými pomocí NMR [online]. 2016, [cit. 2022-01-21]. Dostupné online.
  4. Campbell biology. Boston : Benjamin Cummings / Pearson, 2011. (9th ed.) Dostupné online. ISBN 978-0-321-55823-7.
  5. KUCHIN, Sergei. Covering All the Bases in Genetics: Simple Shorthands and Diagrams for Teaching Base Pairing to Biology Undergraduates. Journal of Microbiology & Biology Education, 2011-01, roč. 12, čís. 1, s. 64–66. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1935-7877. DOI10.1128/jmbe.v12i1.267. (po anglicky)
  6. GtRNAdb: Genomic tRNA Database [online]. gtrnadb.ucsc.edu, [cit. 2022-01-21]. Dostupné online. (po anglicky)
  7. CRICK, F.H.C.. Codon—anticodon pairing: The wobble hypothesis. Journal of Molecular Biology, 1966-08, roč. 19, čís. 2, s. 548–555. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. DOI10.1016/S0022-2836(66)80022-0. (po anglicky)
  8. Biochemistry. Toronto : [s.n.], 2013. (Fourth edition.) Dostupné online. ISBN 978-0-13-800464-4.
  9. VOET, Donald. Biochemistry. Hoboken, NJ : John Wiley & Sons, 2011. (4th edition.) Dostupné online. ISBN 978-0-470-57095-1.
  10. VARANI, Gabriele; MCCLAIN, William H. The G·U wobble base pair: A fundamental building block of RNA structure crucial to RNA function in diverse biological systems. EMBO reports, 2000-07, roč. 1, čís. 1, s. 18–23. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1469-221X. DOI10.1093/embo-reports/kvd001. (po anglicky)
  11. NELSON, David L.. Lehninger principles of biochemistry. New York : W.H. Freeman, 2008. (5th ed.) Dostupné online. ISBN 0-7167-7108-X.
  12. MURPHY, Frank V; RAMAKRISHNAN, V. Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome. Nature Structural & Molecular Biology, 2004-12, roč. 11, čís. 12, s. 1251–1252. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. ISSN 1545-9993. DOI10.1038/nsmb866. (po anglicky)
  13. Campbell biology. Boston : Benjamin Cummings / Pearson, 2011. (9th ed.) Dostupné online. ISBN 978-0-321-55823-7.
  14. LIMMERA, Stefan; REIFA, Bernd; OTTA, Günther. NMR evidence for helix geometry modifications by a G-U wobble base pair in the acceptor arm of E. coli tRNA Ala. FEBS Letters, 1996-04-29, roč. 385, čís. 1-2, s. 15–20. Dostupné online [cit. 2022-01-21]. DOI10.1016/0014-5793(96)00339-0. (po anglicky)

Pozri aj[upraviť | upraviť zdroj]

Zdroj[upraviť | upraviť zdroj]

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Wobble base pair na anglickej Wikipédii.