Systém súťaže bol rovnaký ako v minulej sezóne. Súťaž sa skladala z troch častí - základnej, nadstavbovej a z play-off. Základná časť pozostávala z 14 kôl a každý s každým sa v nej stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti nasledovala nadstavbová časť, v ktorej sa družstvá rozdelili do dvoch skupín, do skupiny o 1. až 4. miesto a do skupiny o 5. až 8. miesto, v ktorých sa započítavali body zo základnej časti. Nadstavbová časť o prvú štvorku pozostávala zo 6 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol raz. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o semifinálových dvojiciach play-off. Po nich nasledovali zápasy o 3. miesto a finále, ktoré určilo majstra. Nadstavbová časť o 5. až 8. miesto pozostávala z 12 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol dvakrát. Posledné družstvo z tejto skupiny zostúpilo do 1. ligy a predposledné odohralo baráž s druhým tímom 1. ligy.[1][2]
↑Bardejov do baráže [online]. mesto.sk, 1999-05-16, [cit. 2015-03-10]. Dostupné online. Archivované 2007-11-17 z originálu.
↑SME v skratke - Hádzaná [online]. sme.sk, 1999-05-17, [cit. 2015-03-10]. Dostupné online. Archivované 2015-09-24 z originálu.
↑ abVo Viedni dnes vyžrebujú európske pohárové súťaže 1998/99 [online]. sme.sk, 1998-08-11, [cit. 2018-10-11]. Dostupné online. Archivované 2020-10-19 z originálu.