Extraliga hádzanárov v sezóne 1999/00 bol 7. ročník najvyššej hádzanárskej ligy mužov, spravovanej Slovenským zväzom hádzanej. Jej špecifikom bolo, že sa prvých 6 tímov kvalifikovalo do novovytvorenej spoločnej česko-slovenskej súťaže (HIL) a extraliga sa na 5 rokov prerušila. Novým majstrom Slovenska sa stalo družstvo ŠKP Sečovce, ktoré vo finále vyhralo nad víťazom základnej aj nadstavbovej časti – 1. MHK Košice.[1]
Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Súťaž sa skladala z troch častí - základnej, nadstavbovej a z play-off. Základná časť pozostávala z 14 kôl a každý s každým sa v nej stretol raz doma a raz vonku. Po základnej časti nasledovala nadstavbová časť, v ktorej sa družstvá nerozdelili do dvoch výkonnostných skupín ako v predchádzajúcich sezónach, ale do dvoch rovnocenných skupín A a B, v ktorých sa započítavali aj výsledky zo základnej časti. Nadstavbová časť pozostávala zo 6 kôl, v ktorej sa každý s každým doma a vonku stretol raz. Umiestnenie v tejto časti rozhodlo o semifinálových dvojiciach play-off. Po nich nasledovali zápasy o 3. miesto a finále, ktoré určilo majstra. Družstvá na 3. a 4. mieste v nadstavbových skupinách hrali play-off o konečné umiestnenie. Všetky duely play-off sa hrali na 3 víťazné zápasy. Najlepších 6 družstiev postúpilo v nasledujúcej sezóne do novovytvorenej Česko-slovenskej hádzanárskej interligy (HIL). Zvyšné 2 družstvá zostúpili do 1. ligy.[2]