Modelovanie založené na pravidlách
Modelovanie založené na pravidlách využíva pravidlá, ktoré nepriamo opisujú matematický model. Takto zapísaný model môže byť buď preložený ako Markovov reťazec alebo diferenciálne rovnice. Možnosťou je aj priame manipulovanie s pravidlami. Modelovanie založené na pravidlách je efektívne predovšetkým v prípadoch, kedy je model nimi implikovaný výrazne väčší v tom význame, že výsledný model je iba mnohonásobným aplikovaním niekoľkých rovnakých vzorov.
Biochemické systémy[upraviť | upraviť zdroj]
Modelovanie komplexných systémov v biológii je nevyhnutné vzhľadom k ich zložitosti a veľkosti. Problémom je, že čím je systém väčší, tým ťažšie je ho zapísať v zrozumiteľnej forme. Typickou formou zápisu modelov je opísanie diskrétnych objektov v reakciách alebo diferenciálnych rovniciach. Počet objektov a reakcií je ale často tak veľký, že nie je možné ich všetky efektívne vypísať. Modelovanie založené na pravidlách ponúka rozšírenie tejto notácie tak, že objektom môžu byť pripisované premenné, ktoré sú definované ich typom. Dynamika modelu je potom definovaná pravidlami nad týmito typmi – platia pre všetky objekty daného typu.
Zástupcami jazykov založených na pravidlách sú BioChemical Space language,[1] Kappa,[2] BioNetGen Language[3] a iné. Všetky sa líšia v syntaxi a abstrakcii, ktorú používajú, no ich spoločnou črtou je pravidlo ”don't care, don't write”. Znamená to, že kontext pravidla sa zvyšuje, čím menej je toho v ňom zapísané.