Po odohraní základnej časti, ktorá sa hrala dvojkolovo, nasledovala rovnako dvojkolová nadstavbová časť v skupinách o 1. – 6. a o 7. – 9. miesto. Družstvám sa v nadstavbovej časti započítavali výsledky odohraté v základnej časti. 8 najlepších družstiev po nadstavbovej časti postúpilo do play-off. Štvrťfinálové duely play-off sa hrali na 2 víťazné zápasy, semifinále, duel o 3. miesto a finále na 3 víťazné zápasy. Kvôli neúplnému počtu účastníkov nezostúpilo priamo do 1. ligy žiadne družstvo. Posledné družstvo po nadstavbovej časti odohralo baráž s 2. tímom 1. ligy.[4]
Družstvo BK Viktoria PČSP Košice, ktoré skončilo v minulej sezóne na 3. mieste, odpredalo extraligovú licenciu klubu ŠŠK Abovia 96 Košice[5] a klub Viktorie v roku 2008 zanikol, pričom mládežnícke družstvá prešli pod klub Maxima Broker Košice.[6] Abovia Košice vstúpil do extraligy pod sponzorským názvom BSS (Basket Steel Slovakia)[5] a bol tvorený najmä hráčkami z Viktorie Košice.
Družstvo BK Slávia UMB Banská Bystrica, ktoré skončilo v minulej sezóne na 5. mieste, na poslednú chvíľu (už po vyžrebovaní) kvôli nesplneniu podmienok stiahlo svoju prihlášku do súťaže.[4]BO Spartak Myjava, ktoré z extraligy vypadlo, neprejavilo záujem hrať extraligu a neprihlásilo sa ani do 1. ligy a klub BK Istrobanka LS Uk Bratislava z 1. ligy ukončil činnosť.[7]
Sezóna 2008/09
