Systém súťaže sa oproti minulej sezóne výrazne zmenil. Po základnej časti (ZČ), v ktorej odohral každý s každým zápasy jedenkrát doma a vonku, nasledovalo play-off. Na rozdiel od predchádzajúcich sezón sa už nehralo play-out. Do play-off postúpilo 8 najlepších družstiev po ZČ, pričom všetky boli zaradené do štvrťfinále. To sa hralo na 2 víťazné zápasy, semifinále a finále na 3 víťazné zápasy. Zmenou oproti minulej sezóne bolo, že sa opäť organizovalo aj play-off o 3. miesto, ktoré sa hralo na 2 víťazné zápasy. 2 posledné družstvá po základnej časti odohrali preliminačnú baráž o zotrvanie v najvyššej lige s účastníkmi 2. ligy.[1]
Pozn: Družstvo FK Slovanet Prešov, ktoré skončilo v minulej sezóne na 4. mieste, nepodalo v stanovený čas prihlášku do ligy. Nahradilo ho družstvo MIBA Banská Bystrica, ktoré neuspelo v baráži.[3][4]
↑Slov-Matic FOFO Bratislava je majstrom Slovenska v sezóne 2016/2017 [online]. futsalslovakia.sk, 09.06.2017, [cit. 2017-06-17]. Dostupné online. Archivované 2017-06-19 z originálu.
↑Začína nový súťažný ročník [online]. makroteam.sk, [cit. 2017-03-30]. Dostupné online.
↑Do Banskej Bystrice sa vracia najvyššia súťaž vo futsale [online]. mibabanskabystrica.sklub.sk, 21.08.2016, [cit. 2017-03-30]. Dostupné online.