Extraliga vo futsale 2008/09 bol 16. ročník slovenskej extraligy[1][2] vo futsale, najvyššej futsalovej súťaže mužov na Slovensku, ktorú organizuje združenie Slovenský futsal. V súťaži účinkovalo 12 družstiev, teda o 1 viac ako v minulej sezóne. Víťazom sa tretíkrát v histórii stalo družstvo RCS Košice[3] (predtým pod názvom Trade Trans Rail) a kvalifikovalo sa tak do futsalového pohára UEFA.[4]
Družstvá si prevzali vzájomné zápasy po základnej časti a odohrali ešte po 2 stretnutia s každým družstvom doma a vonku. Posledné družstvo vypadlo z budúcoročnej extraligy a predposledné družstvo hralo baráž s druholigovými družstvami.