Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Súťaž sa skladala z troch častí – základnej, nadstavbovej a z play-off. V základnej časti hralo 12 tímov dvojkolovým systémom (doma a vonku). 6 najlepších tímov zo základnej časti postúpilo do nadstavbovej skupiny o 1. až 6. miesto. Zvyšné tímy odohrali nadstavbovú skupinu o konečné 7. až 12. miesto, ktorá určila zostupujúci tím do nasledovnej sezóny.[1] Nadstavbové skupiny sa hrali po roku opäť 2-kolovým systémom, pričom sa im započítavali aj výsledky zo základnej časti. Potom pre tímy na 9. až 12. mieste nasledovala nadstavbová skupina o konečné 9. – 12. miesto, ktorá určila kvôli zoštíhleniu extraligových tímov v budúcej sezóne až 3 zostupujúce celky do nižšej súťaže v nasledujúcej sezóne. 8 najlepších tímov po nadstavbovej časti postúpilo do play-off. 3-kolové play-off začínalo štvrťfinálovými duelmi a končilo duelmi o umiestnenie. Finálový duel a duel o 3. miesto sa hrali na 3 víťazné zápasy, všetky ostatné duely play-off sa hrali na 2 víťazné zápasy.
Poznámka: Komárno zmenilo v priebehu súťaže názov z MBK Komárno na MBK Rieker Komárno.[4]
Na základe účinkovania klubov v európskych súťažiach sa Slovensko v tejto sezóne umiestnilo v európskom rebríčku FIBA, zostavovanom z výsledkov z posledných troch sezón, na 24. mieste so ziskom 2,433 bodov.[5] V samotnej sezóne 2000/01 sa Slovensko v európskych súťažiach (zastupovaných len jediným klubom) so ziskom 1,5 bodov umiestnilo na 27. mieste rebríčka európskych krajín.[6]