Systém súťaže sa oproti minulej sezóne zmenil. Súťaž sa skladala z troch častí–základnej, nadstavbovej a z play-off. V základnej časti hralo 11 tímov dvojkolovým systémom (doma a vonku). 6 najlepších tímov zo základnej časti postúpilo do nadstavbovej skupiny o 1. až 6. miesto, ktorá sa hrala rovnako dvojkolovým systémom. Zvyšné tímy odohrali nadstavbovú skupinu o konečné 7. až 11. miesto, hranej rovnako dvojkolovým systémom, ktorej posledný tím odohral baráž na 2 víťazné zápasy s 2. tímom nižšej ligy.[1] V nadstavbovej časti sa započítavali aj výsledky zo základnej časti. Najlepšie 2 tímy v nadstavbovej časti odohrali finálový duel o majstra, tímy na 3. a 4. mieste odohrali duel o bronz a tímy na 5. a 6. mieste duel o konečné 5. miesto. Všetky duely play-off sa hrali na 3 víťazné zápasy.
Poznámka: BK Ozeta Trenčín podal prihlášku do ligy, ale tesne pred jej začiatkom z finančných dôvodov zo súťaže odstúpil.[4][5]
Na základe účinkovania klubov v európskych súťažiach sa Slovensko v tejto sezóne umiestnilo v európskom rebríčku FIBA, zostavovanom z výsledkov z posledných troch sezón, na 22. mieste so ziskom 3,944 bodov.[6] V samotnej sezóne 1998/99 sa Slovensko v európskych súťažiach so ziskom 5,1 bodov umiestnilo na 19. mieste rebríčka európskych krajín.[7]
Sezóna 1998/99
