Oxyaniónová diera

z Wikipédie, slobodnej encyklopédie
Skočit na navigaci Skočit na vyhledávání
Oxyaniónová diera serínovej proteázy stabilizuje záporný náboj vznikajúci na substráte v tranzitnom stave pomocou vodíkových väzieb, ktoré sú tvorené amidovými skupinami peptidovej kostry.

Oxyaniónová diera[1] je vrecko v aktívnom mieste enzýmu, ktoré stabilizuje záporný náboj na deprotonovanom kyslíku či alkoxide v tranzitnom stave.[2] Toto vrecko je typicky zložené z amidových skupín peptidovej kostry alebo z pozitívne nabitých reziduí. Stabilizácia tranzitného stavu znižuje aktivačnú energiu, ktorá je potrebná na to, aby prebehla reakcia, čím napomáha katalýze.[3] Proteázy, ako je napríklad chymotrypsín, obsahujú oxyaniónovú dieru na stabilizáciu tetraédrického intermediátu, ktorý vzniká počas proteolýzy, a chráni negatívne nabitý kyslík substrátu pred molekulami vody.[4] Takisto môžu pomôcť pri vstupe substrátu alebo jeho správnom natočení, inak by mohlo dôjsť k stérickému bráneniu, ak by substrát nemohol dieru obsadiť (napríklad BPG u hemoglobínu). Enzýmy, ktoré katalyzujú viackrokové reakcie, môžu mať niekoľko oxyaniónových dier, ktoré stabilizujú rôzne tranzitné stavy vznikajúce pri reakcii.[5]

Referencie[upraviť | upraviť zdroj]

  1. JEŘÁBEK, Petr. Molekulové modelování enantioselektivity enzymu haloalkandehalogenázy LinB [online]. 2007, [cit. 2022-01-08]. Dostupné online. (po česky)
  2. Biochemistry. 5th. vyd. San Francisco : W.H. Freeman, 2002. Dostupné online. ISBN 978-0-7167-4955-4. 9 Catalytic Strategies.
  3. Enzyme Catalysis by Hydrogen Bonds: The Balance between Transition State Binding and Substrate Binding in Oxyanion Holes. The Journal of Organic Chemistry, March 19, 2010, s. 1831–1840. ISSN 0022-3263. DOI10.1021/jo901503d. PMID 20039621.
  4. Oxyanion Hole Interactions in Serine and Cysteine Proteases. Biological Chemistry Hoppe-Seyler, 1992, s. 393–400. DOI10.1515/bchm3.1992.373.2.393. PMID 1387535.
  5. The Catalytic Cycle of Biosynthetic Thiolase: A Conformational Journey of an Acetyl Group through Four Binding Modes and Two Oxyanion Holes‡. Biochemistry, December 1, 2002, s. 15543–15556. ISSN 0006-2960. DOI10.1021/bi0266232. PMID 12501183.

Pozri aj[upraviť | upraviť zdroj]

Zdroj[upraviť | upraviť zdroj]

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Oxyanion hole na anglickej Wikipédii.