SARS-CoV-2

z Wikipédie, slobodnej encyklopédie
(Presmerované z 2019-nCoV)
Skočit na navigaci Skočit na vyhledávání
SARS-CoV-2
SARS-CoV-2
Klasifikácia
SkupinaIV: ssRNA(+)
RealmRiboviria
Rad (Ordo)Nidovirales
Čeľaď (Familia)Koronavírusy (Coronaviridae)
Rod (Genus)Betacoronavirus
Druh (Species)SARS-CoV

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (skratka SARS-CoV-2),[1] dočasné označenie 2019 novel coronavirus (skratka 2019-nCoV, slovensky tiež nový coronavírus)[2][3] je nákazlivý druh vírusu z rodu Betacoronavirus a z čelade koronavírusy. Má zrejme zoonotický pôvod, prenáša sa aj z človeka na človeka. Spôsobuje respiračné ochorenie COVID-19[4] (COronaVIrus Disease), ktoré sa rozšírilo na globálnu pandémiu. Prvýkrát ho identifikovali v čínskom meste Wu-chan v provincii Chu-pej.[5] Sekvenovanie DNA preukázalo, že ide o pozitívny jednoreťazcový RNA koronavírus.[6][7]

Vzhľadom na správy, že počiatočné prípady mali epidemiologické súvislosti s veľkým živočíšnym trhom, sa predpokladalo, že vírus má zoonotický pôvod. Porovnanie genetických sekvencií medzi týmto vírusom a ostatnými existujúcimi vírusovými vzorkami ukázalo podobnosť so SARS-CoV (79,6 %), netopierími koronavírusmi (96 %)[8] a koronavírusom šupinavca Manis javanica.[9] Pôvod z hadov sa nepotvrdil.[10][11] Štúdia genómu nenašla dôkaz, že vírus bol umelo vytvorený. Vírus vznikol pomocou prirodzeného výberu v živočíšnom hostiteľovi pred zoonotickým prenosom na človeka, alebo pomocou prirodzeného výberu v ľudskom hostiteľovi po zoonotickom prenose. Podľa výskumu je akákoľvek laboratórna manipulácia s vírusom nehodnoverná.[12]

Epidemiológia[upraviť | upraviť kód]

Prvá infekcia u človeka sa objavila v decembri 2019 v čínskom veľkomeste Wu-chan.[13][14] Jej pôvod sa predpokladá v infikovanom zvierati.[14] Vírus sa potom rozšíril do všetkých čínskych provincií a desiatok ďalších krajín na všetkých kontinentoch.[15][16] Časom bol potvrdený prenos vírusu z človeka na človeka.[17][18][19][20] 30. januára 2020 vyhlásila Svetová zdravotnícka organizácia (WHO) globálny stav zdravotnej núdze.[21][22][23]

Vírus SARS-CoV-2 (žlté častice), zobrazený elektrónovým mikroskopom.

V Číne do marca 2020 presiahol počet ochorení hranicu 80 000 pacientov. Od marca 2020 sa vyskytovali nové prípady hlavne v západnej Európe (Taliansko, Francúzsko, Španielsko atď.), Iráne a USA, v polovici roka 2020 veľa prípadov pribúda aj v Južnej Amerike, Rusku a Indii. Počet prípadov ochorenia COVID-19 v polovici roka 2020 prekročil desiaty milión a jeho obetí pol milióna.[24] Nie je známe, aká časť infekcii vírusom SARS-CoV-2 sa dá skutočne diagnosticky potvrdiť alebo sarozvinie do diagnostikovateľného respiračného ochorenia.[25][26]. Toto sťažuje prognózovanie vývoja pandémie COVID-19.[27]

Základné reprodukčné číslo vírusu R0 sa v súčasnosti uvádza 2,2 (počet osôb, ktoré typicky nakazí jeden infikovaný človek)[28]. (poznámka - pre šírenie infekcie je nutná hodnota nad 1, ak sa opatreniami zníži pod 1, epidémia vyhasína). Bolo tiež zistené, že vírus bol schopný prenosu postupne na 7 ďalších osôb.

Virológia[upraviť | upraviť kód]

Koronavírusy sa šíria predovšetkým blízkym kontaktom, zvlášť kvapôčkovou infekciou pri kašli a kýchaní, potravinami a telesnými tekutinami.[29][30][31] RNA vírusu bola zistená aj v stolici pacientov.[32] Vírus sa prenáša už počas inkubačnej periódy (v bezpríznakovom štádiu ochorenia). Tento spôsob prenosu je pravdepodobne významný.[33] Významný je aj prenos kontaktom s kontaminovanými predmetmi. Vírus je detekovateľný mimo tela v areosóle do 3 hodín, na medenom povrchu do 4 hodín, na kartóne 24 hodín, a na nehrdzavejúcej oceli a plaste 2 až 3 dni.[34]

Rezervoár infekcie[upraviť | upraviť kód]

Keďže ochorenie začalo u pracovníkov na tržnici s morskými plodmi (angl. Huanan Seafood Market, vo Wu-chane), ktorí boli v kontakte so zvieratami, za rezervoár infekcie sa považujú zvieratá. Trhy so živými zvieratami boli považované za pôvodcov epidémie SARS v roku 2003 a takéto miesta sú považované za možné miesta vzniku nových patogénov. Došlo k zákazu predaja divokých zvierat a ich konzumácie v Číne, ale niektorí odborníci pochybujú, či Huanan Seafood Market bol skutočne miestom prenosu vírusu zo zvieraťa na ľudí.[14][35]

Bol získaný dostatočný počet sekvenovaných genómov vírusov na to, aby sa dal rekonštruovať fylogenetický strom s históriou mutácii. Výskumy pôvodu epidémie SARS v roku 2003 viedli k objaveniu mnohých netopierích koronavírusov, podobných vírusu SARS, väčšinou z rodu Rhinolophus. Do tejto kategórie zapadá aj SARS-CoV-2. Dva genómy z netopiera Rhinolophus sinicus, publikované v rokoch 2015 a 2017 vykazujú 80 % podobnosť s SARS-CoV-2.[36][37] Tretí genóm z Rhinolophus affinis, získaný v provincii Jün-nan, má 96 % podobnosť s SARS-CoV-2.[38][39] Pre porovnanie, táto podobnosť medzi vírusmi je podobná miere mutácii vírusu ľudskej chrípky H3N2 počas 10 rokov. 7. februára 2020 bola objavená vzorka vírusovej nukleovej kyseliny so sekvenciou na 99 % identickou so SARS-CoC-2 u chráneného šupinavca, používaného v tradičnej čínskej medicíne. Receptor viažúca doména S-proteínu novoobjaveného Pangolin-CoV sa líši od SARS-CoV-2 v jedinej aminokyseline.[9]

Fylogenetika a taxonómia[upraviť | upraviť kód]

SARS-CoV-2 (predtým 2019-CoV) patrí do širokej skupiny vírusov, známych ako koronavírusy. „nCoV“ je štandardné označenie nových koronavírusov pred pridelením špecifického označenia. Je to pozitívny jednoreťazcový (+ssRNA) vírus. Koronarovírusy spôsobujú ochorenia rôznej závažnosti, od prechladnutia po závažné ochorenia ako MERS (Middle East Respiratory Syndrome) a SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome). Je to siedmy koronarovírus, o ktorom je známe, že infikuje ľudí, po 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV a SARS-CoV.[40]

Hoci je geneticky odlišný od iných vírusov, ktoré infikujú ľudí, patrí spolu so SARS-CoV do podrodu Sarbecovirus (Beta-CoV línia B).[41] Jeho sekvencia RNA obsahuje približne 30 000 báz.

Ako oznámilo Čínske centrum pre liečbu a prevenciu ochorení a iné inštitúcie, do 12. januára 2020 bolo z Wu-chanu izolovaných 5 genómov vírusu SARS-CoV-2 (2019-CoV)[42][43] a do 26. januára 2020 tento počet stúpol na 28.[44] Okrem prvého genómu GenBank je na ne uvalené embargo GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Fylogenetická analýza vzoriek je dostupná cez Nextstrain.

Štruktúra koronavírusu

Štúdia University College London na vzorke 7 500 ľudí z celého sveta identifikovala 198 mutácií a odhaduje, že vírus sa začal šíriť od 6. októbra do 11. decembra 2019.[45]

Štrukturálna biológia[upraviť | upraviť kód]

Schéma proteázy vírusu 2019-nCoV, ktorá by mohla byť vhodnou cieľovou štruktúrou pre antivírusové lieky.

Publikácie genómu viedli k niekoľkým experimentom s modelovaním štruktúry receptorového väzobného proteínu RBD – nCoV spike glykoproteínu S („hrotového“, viď obrázok štruktúry vírusu), ktoré naznačujú, že S proteín si zachoval dostatočnú afinitu voči receptoru angiotenzín konvertujúceho enzýmu 2 (ACE2), aby ju využil ako mechanizmus vstupu do bunky.[46] 22. januára 2020 skupiny v Číne a USA nezávisle potvrdili ACE2 ako receptor pre SARS-CoV-2.[47][48][49] Ukázalo sa, že SARS-CoV-2 má vyššiu afinitu k ľudskému ACE2 ako pôvodný vírus SARS.[50]

Pri hľadaní vhodného lieku zo skupiny inhibítorov proteáz bola tiež modelovaná vírusová 3C-like proteáza M(pro) z polyproteínu ORF1a pre naviazanie lieku. V Innophore vytvorili dva počítačové modely, založené na proteáze SARS[51] a Čínska akadémia vied vytvorila nepublikovanú experimentálnu štruktúru rekombinantnej 2019-CoV proteázy.[52] Ďalej, vedci na Michiganskej univerzite modelovali štruktúru všetkých hotových peptidov vírusu SARS-CoV-2 s použitím I-TASSERa.[53]

SARS-Cov-2 tvorí najmenej tri faktory virulencie, ktoré podporujú šírenie nových viriónov (častíc vírusu) z hostiteľských buniek a inhibujú imunitnú odpoveď.[54]

Liečba[upraviť | upraviť kód]

Vakcína[upraviť | upraviť kód]

Na základe publikovaného genómu začalo v januári 2020 niekoľko organizácii pracovať na výrobe vakcíny proti vírusu SARS-CoV-2. Ešte 26. februára 2020 National Institute of Allergy and Infectious Diseases uviedol, že „vývoj vakcíny proti koronavírusu potrvá ešte najmenej rok až poldruha roka“ a tento názor opakovane potvrdili ďalšie odborné autority.[55] Na vakcíne v máji 2020 pracovalo vyše 100 pracovísk, pričom významne pokročili napr. Moderna, Oxfordská Univerzita, Pfizer, CanSino Biologics (podrobnejšie v článku COVID-19).

Protivírusové lieky[upraviť | upraviť kód]

Vzhľadom na dĺžku procesu vývoja nových liekov (niekoľko rokov) sa predovšetkým skúma možnosť využitia už známych antivirotík, ktoré by mohli byť použité po relatívne krátkych klinických skúškach. Určité pozitívne výsledky sa zistili pre remdesivir a kombináciu lopinavir/ritonavir s ribavirinom a interferónom beta1. Skúšal sa aj chlorochin a hydroxychlorochin,[28] ale účinnosť tejto liečby nie je potvrdená[56] (podrobnejšie v článku COVID-19).

Názov[upraviť | upraviť kód]

Svetová zdravotnícka organizácia stanovila dňa 11. februára 2020 pre ochorenie, ktoré vyvoláva vírus SARS-CoV-2 definitívne označenie COVID-19.[4] Pre „nový koronavírus“, dočasne označený 2019-nCoV, bolo 12. februára 2020 určené súčasné označenie SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2).

Referencie[upraviť | upraviť kód]

  1. ENSERINKFEB. 12, Martin; 2020; PM, 2:40. ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion [online]. Science | AAAS, 2020-02-12, [cit. 2020-02-12]. Dostupné online. (po anglicky)
  2. Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) [online]. World Health Organization, [cit. 2020-01-21]. Dostupné online.
  3. Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China [online]. United States : Centers for Disease Control and Prevention, 10 January 2020, [cit. 2020-01-16]. Dostupné online.
  4. a b A.S, Petit Press. Koronavírus dostal nové pomenovanie Covid-19 [online]. svet.sme.sk, [cit. 2020-02-11]. Dostupné online.
  5. 2019 Novel Coronavirus (2019 nCoV): Frequently Asked Questions | IDPH [online]. . Dostupné online.
  6. 中国疾病预防控制中心 [online]. People's Republic of China : Chinese Center for Disease Control and Prevention, [cit. 2020-01-09]. Dostupné online. (Chinese)
  7. New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert [online]. People's Republic of China : [cit. 2020-01-09]. Dostupné online.
  8. Peng Zhou1 na1,. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin [online]. nature.com, 03 February 2020, [cit. 2020-03-24]. Dostupné online.
  9. a b XIAO, Kangpeng; ZHAI, Junqiong; FENG, Yaoyu. Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins. bioRxiv, 2020-02-20, s. 2020.02.17.951335. Dostupné online [cit. 2020-03-10]. DOI10.1101/2020.02.17.951335. (po anglicky)
  10. Why snakes probably aren’t spreading the new China virus [online]. nature.com, 23 January 2020, [cit. 2020-03-24]. Dostupné online. (po anglicky)
  11. Chengxin Zhang, Wei Zheng, Xiaoqiang Huang, Eric W. Bell, Xiaogen Zhou a Yang Zhang. Protein Structure and Sequence Reanalysis of 2019-nCoV Genome Refutes Snakes as Its Intermediate Host and the Unique Similarity between Its Spike Protein Insertions and HIV-1 [online]. Journal of Proteome Research, [cit. 2020-03-31]. Dostupné online. DOI:10.1021/acs.jproteome.0c00129
  12. Kristian G. Andersen. The proximal origin of SARS-CoV-2 [online]. Nature, 2020-03-17, [cit. 2020-03-24]. Dostupné online. (po anglicky)
  13. WHO | Novel Coronavirus – China [online]. . Dostupné online.
  14. a b c COHEN, Jon. Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally. Science, January 2020. ISSN 0036-8075. DOI10.1126/science.abb0611.
  15. Operations Dashboard for ArcGIS [online]. 2020-02-02, [cit. 2020-02-02]. Dostupné online.
  16. WHO. Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports [online]. www.who.int, [cit. 2020-02-29]. Dostupné online. (po anglicky)
  17. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. The Lancet, 24 January 2020. Dostupné online. DOI10.1016/S0140-6736(20)30154-9. PMID 31986261.
  18. Transmission of 2019-nCoV Infection from an Asymptomatic Contact in Germany. NEJM, 2020, s. Correspondence to the Editor Page. DOI10.1056/NEJMc2001468. PMID 32003551.
  19. The Coronavirus Is Now Infecting More People Outside China. Wired, 30 January 2020. Dostupné online [cit. 2020-01-30].
  20. Coronavirus: Singapore reports first cases of local transmission; 4 out of 6 new cases did not travel to China [online]. 4 February 2020, [cit. 2020-02-05]. Dostupné online.
  21. Coronavirus declared global health emergency [online]. BBC News Online, 30 January 2020. Dostupné online.
  22. W.H.O. Declares Global Emergency as Wuhan Coronavirus Spreads [online]. 30 January 2020, [cit. 2020-01-30]. Dostupné online.
  23. Statement on the second meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the outbreak of novel coronavirus (2019-nCoV) [online]. 30 January 2020. Dostupné online.
  24. Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports [online]. www.who.int, [cit. 2020-03-14]. Dostupné online. (po anglicky)
  25. Limited data on coronavirus may be skewing assumptions about severity [online]. 2020-01-30. Dostupné online. (po anglicky)
  26. Novel Coronavirus (2019-nCoV) situation reports [online]. www.who.int, [cit. 2020-02-24]. Dostupné online. (po anglicky)
  27. ANDERSON, Roy M.; HEESTERBEEK, Hans; KLINKENBERG, Don. How will country-based mitigation measures influence the course of the COVID-19 epidemic?. The Lancet, 2020-03-09, roč. 0, čís. 0. PMID: 32164834. Dostupné online [cit. 2020-03-18]. ISSN 0140-6736. DOI10.1016/S0140-6736(20)30567-5. (English)
  28. a b Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) (2019-nCoV): Practice Essentials, Background. Medscape eMedicine (Medscape), 2020-03-06. Dostupné online [cit. 2020-03-07].
  29. ÚRAD VEREJNÉHO ZDRAVOTNÍCTVA SR. COVID-19 [online]. www.uvzsr.sk, [cit. 2020-02-29]. Dostupné online.
  30. How does coronavirus spread? [online]. . Dostupné online.
  31. Transmission of Novel Coronavirus (2019-nCoV) [online]. 27 January 2020. Dostupné online.
  32. HOLSHUE, Michelle L.; DEBOLT, Chas; LINDQUIST, Scott. First Case of 2019 Novel Coronavirus in the United States. New England Journal of Medicine, 2020-01-31, s. NEJMoa2001191. ISSN 0028-4793. DOI10.1056/NEJMoa2001191. PMID 32004427. (po anglicky)
  33. Asymptomatic Carriers of COVID-19 Make It Tough to Target [online]. Infection Control Today, [cit. 2020-03-24]. Dostupné online. (po anglicky)
  34. Neeltje van Doremalen, Trenton Bushmaker, Dylan H. Morris, Myndi G. Holbrook, Amandine Gamble, Brandi N. Williamson, Azaibi Tamin, Jennifer L. Harcourt, Natalie J. Thornburg, Susan I. Gerber, James O. Lloyd-Smith, Emmie de Wit, Vincent J. Munster. Aerosol and Surface Stability of SARS-CoV-2 as Compared with SARS-CoV-1 [online]. New England Journal of Medicine, 2020, [cit. 2020-03-19]. Dostupné online. (po anglicky)
  35. ESCHNER, Kat. We're still not sure where the Wuhan coronavirus really came from [online]. 2020-01-28. Dostupné online.
  36. Vzorka CoVZC45 a CoVZXC21, pozri interaktívnu vizualizáciu
  37. The 2019 new Coronavirus epidemic: evidence for virus evolution [online]. . Dostupné online. DOI:10.1101/2020.01.24.915157v1
  38. Wuhan Institue of Virology. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv, 23 January 2020, s. 2020.01.22.914952. Dostupné online [cit. 2020-01-24]. DOI10.1101/2020.01.22.914952v2. (BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013; available on GISAID)
  39. Bat coronavirus isolate RaTG13, complete genome [online]. NCBI, 29 Jan 2020. Dostupné online.
  40. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019. New England Journal of Medicine (United States), 24 January 2020. ISSN 0028-4793. DOI10.1056/NEJMoa2001017. PMID 31978945.
  41. Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses [online]. [Cit. 2020-01-18]. Dostupné online.
  42. Initial genome release of novel coronavirus [online]. 11 January 2020, [cit. 2020-01-12]. Dostupné online.
  43. Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome. National Center for Biotechnology Information (United States: National Institutes of Health), 17 January 2020. Dostupné online.
  44. CoV2020 [online]. [Cit. 2020-01-12]. Dostupné online.
  45. Lucy van Dorp, Mislav Acman, Damien Richard, Liam P. Shaw, Charlotte E. Ford, Louise Ormond, Christopher J. Owen, Juanita Pang, Cedric C.S. Tan, Florencia A.T. Boshier, Arturo Torres Ortiz, François Balloux. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2. Infection, Genetics and Evolution, 2020; 104351 DOI: 10.1016/j.meegid.2020.104351
  46. Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. Science China Life Sciences, 21 January 2020. DOI10.1007/s11427-020-1637-5. PMID 32009228.
  47. Functional assessment of cell entry and receptor usage for lineage B β-coronaviruses, including 2019-nCoV. bioRxiv, 22 January 2020, s. 2020.01.22.915660. Dostupné online [cit. 2020-01-24]. DOI10.1101/2020.01.22.915660.
  48. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv, 2020, s. 2020.01.22.914952. Dostupné online [cit. 2020-01-24]. DOI10.1101/2020.01.22.914952.
  49. Return of the Coronavirus: 2019-nCoV. Viruses, 2020, s. 135. DOI10.3390/v12020135. PMID 31991541.
  50. WRAPP, Daniel; WANG, Nianshuang; CORBETT, Kizzmekia S.. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. Science, 2020-02-19. PMID: 32075877. Dostupné online [cit. 2020-03-10]. ISSN 0036-8075. DOI10.1126/science.abb2507. (po anglicky)
  51. Wuhan coronavirus 2019-nCoV – what we can find out on a structural bioinformatics level [online]. Innophore GmbH, 23 January 2020. Dostupné online. DOI:10.6084/m9.figshare.11752749
  52. 上海药物所和上海科技大学联合发现一批可能对新型肺炎有治疗作用的老药和中药 [online]. 25 January 2020. Dostupné online.
  53. Chengxin Zhang, Eric W. Bell, Xiaoqiang Huang, Yang Zhang (2020): 2019-nCoV [online]. . Dostupné online.
  54. WU, Canrong; LIU, Yang; YANG, Yueying. Analysis of therapeutic targets for SARS-CoV-2 and discovery of potential drugs by computational methods. Acta Pharmaceutica Sinica B, 2020-02-27. Dostupné online [cit. 2020-03-10]. ISSN 2211-3835. DOI10.1016/j.apsb.2020.02.008. (po anglicky)
  55. DEESE, Kaelan. Health official says coronavirus vaccine will take 'at least a year to a year and a half' to develop [online]. TheHill, 2020-02-26, [cit. 2020-03-10]. Dostupné online. (po anglicky)
  56. CDC. Information for Clinicians on Therapeutic Options for COVID-19 Patients [online]. Centers for Disease Control and Prevention, 2020-02-11, [cit. 2020-03-24]. Dostupné online. (po anglicky)

Pozri aj[upraviť | upraviť kód]

Iné projekty[upraviť | upraviť kód]

  • Spolupracuj na Commons Commons ponúka multimediálne súbory na tému SARS-CoV-2

Zdroj[upraviť | upraviť kód]

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 na anglickej Wikipédii.